История уголовно-исполнительной системы Ямало-Ненецкого автономного округа неразрывно связана с историей освоения округа, историей ГУЛАГА и известными 501-й и 503-й стройками.
После подписания в 1992 году Федеративного Договора и принятия Новой Конституции Российской Федерации, Ямало-Ненецкий автономный округ стал равноправным субъектом федерации, статус которого определяется Конституцией и Уставом (Основным Законом) Ямало-Ненецкого автономного округа, принятым 19 сентября 1995 года.
До октября 1996 года учреждения расположенные на территории Ямало-Ненецкого автономного округа находились в подчинении СИДиСР УВД Тюменской области, УИН МВД Тюменской области.
Изменения в политической жизни округа привели к необходимости изменения структуры многих учреждений, находящихся на его территории. Не стала исключением уголовно-исполнительная система округа.
Приказом ГУИН МВД Российской Федерации № 130 от 17 октября 1996 года был создан Отдел исполнения наказаний по Ямало-Ненецкому автономному округу.
Официальное открытие ОИН состоялось 26 декабря 1996 года. Свою деятельность Отделу пришлось начинать практически с нуля. Количество сотрудников было невелико: в марте 1997 года отдел состоял из 6 человек:
- начальник отдела Шайманов Анатолий Васильевич;
- заместитель начальника Будыгин Григорий Анатольевич;
- начальник отделения учета и отчетности Спиридонова Инна Владимировна;
- старший инспектор группы организации службы Тимошенко Виктор Анатольевич;
- инспектор группы безопасности и оперативной работы Богомолов Сергей Геннадьевич;
- инспектор отдела кадров Дерябин Сергей Валерьевич.
Не было собственного помещения, и личный состав занимал 3 кабинета в здании отделения милиции поселка Харп. В 1997 году начались реставрационные работы в здании, находящемся на территории бывшей воинской части.
С 1 сентября 1998 года уголовно-исполнительная система страны Указом Президента России от 28.07.1998 года № 904 передана из МВД в ведение Министерства юстиции Российской Федерации. В 1998 году коллектив Отдела исполнения наказаний по Ямало-Ненецкому автономному округу переезжает в новое отремонтированное здание. На открытии присутствовал Губернатор Ямало-Ненецкого автономного округа Юрий Васильевич Неелов.
1997-1999 годы - это годы интенсивного развития структуры отдела, на службу приходят энергичные и квалифицированные специалисты.Слаженная работа молодого коллектива способствовала безболезненному изменению территориальной принадлежности и стабильной работе учреждений уголовно-исполнительной системы нашего округа.
Приказом Минюста России от 02 февраля 1999 года № 27 «Об изменении статуса территориальных органов уголовно-исполнительной системы Министерства юстиции Российской Федерации» отдел исполнения наказаний был переименован в Управление исполнения наказаний по Ямало-Ненецкому автономному округу. С момента образования отдела и до 2002 года руководил управлением полковник внутренней службы Анатолий Васильевич Шайманов. Приказом ФСИН России от 18.01.2005 года №2 управление исполнения наказаний по ЯНАО преобразовано в УФСИН России по Ямало-Ненецкому автономному округу.
С 2002 года по 2007 год руководил УФСИН России по Ямало-Ненецкому автономному округу полковник внутренней службы Замша Анатолий Сергеевич.
С 2007 года по 2011 год начальником управления был полковник внутренней службы Дерюгин Сергей Николаевич. Штатная численность аппарата управления ФСИН России по Ямало-Ненецкому автономному округу составляла 100 единиц, в том числе отдел специального назначения «Росомаха», который вошел в состав с 01.12.2008 года.
С 2011 по 2016 год руководил УФСИН полковник внутренней службы Ванеев Игорь Николаевич.
Приказом ФСИН России № 847-лс от 08.11.2016 года начальником Управления Федеральной службы исполнения наказаний по Ямало-Ненецкому автономному округу назначен Новиков Александр Николаевич.
С января 2021 года начальник УФСИН полковник внутренней службы Игорь Борисович Ракитин.
Сотрудники управления координируют деятельность и осуществляют контроль за тремя исправительными учреждениями, помещением, функционирующим в режиме следственного изолятора и уголовно-исполнительной инспекцией.